Ruta de aprendizaje
Funnel in silico

Scoring de peptidos AMP

Ranking didactico basado en longitud, carga, hidrofobicidad y motivos problematicos.

Ranking de candidatos

El objetivo es explicar criterios de filtrado, no validar actividad biologica.

Modo heuristico
Secuencia Score Longitud Carga Hidrofobicidad Motivos
GIGKFLHSAKKFGKAFVGEIMNS 85.0 23 +4 0.43 -
KWKLFKKIGAVLKVL 85.0 15 +5 0.60 -
KKLLKLLKKLLKLLK 85.0 15 +7 0.53 -
KLAKLAKKLAKLAK 85.0 14 +6 0.57 -
MKWVTFISLLFLFSSAYSRGVFRR 85.0 24 +4 0.54 -
RRWQWRMKKLG 85.0 11 +5 0.36 -
ACDEFGHIKLMNPQRSTVWY 65.0 20 +1 0.35 -
GGGGGGGGGG -15.0 10 +0 0.00 GGGG

README del modulo

04 AMP scoring

Scoring simplificado de peptidos antimicrobianos.

El objetivo es entender el tipo de filtros que aparecen en un funnel AMP:

  • Longitud.
  • Carga neta.
  • Hidrofobicidad aproximada.
  • Motivos potencialmente problematicos.
  • Penalizacion por caracteres no aminoacidicos.

Este scoring es didactico. No sustituye modelos QSAR, ensayos MIC/MBC, hemolisis, citotoxicidad ni criterio experto.

Ejecutar

Desde Desarrollo:

python .\04_amp_scoring\scoring_peptidos.py